Aus erster Ehe mit einer jüdischen Amerikanerin hat Waltz einen Sohn und zwei Töchter, Presseberichten zufolge leben der Sohn und eine Tochter in Israel.
Sicher scheint zu sein, dass die Tochter Miriam am kürzlich in Jerusalem geheiratet hat. Dem Internetportal Ynet zufolge lebt Miriam ultraorthodox. Bei der Hochzeit hätten Männer und Frauen zwar nicht getrennt gefeiert, aber auch nicht miteinander getanzt, so ein Gast gegenüber Ynet.
Waltz wurde mehrfach bei Rundgängen durch Jerusalem gesehen und fotografiert, bevor er abends zu der Hochzeitsfeier gelangte. Es war sein zweiter Besuch in Israel. Der Schauspieler war vor drei Jahren gemeinsam mit dem Regisseur Quentin Tarantino im Land gewesen, um seinen Film Inglourious Basterds vorzustellen.